Un analista comportamentale qualificato e competente (BCBA) progetta e supervisiona il programma. Definisce un programma altamente personalizzato in base alle capacità, ai bisogni, agli interessi, alle preferenze e alla situazione familiare di ogni studente. 

Il BCBA inizierà facendo una valutazione dettagliata delle capacità e delle preferenze della persona. In base alla prima valutazione verranno definiti gli obiettivi di trattamento specifici. Potranno essere inclusi anche obiettivi e preferenze familiari.

Gli obiettivi del trattamento sono scritti in base all'età e al livello di abilità della persona con ASD. Verranno incluse molte diverse aree di abilità, come ad esempio:

> Comunicazione e linguaggio
> Abilità sociali
> Cura di sé (come fare la doccia e andare in bagno)
> Gioco e tempo libero
> Capacità motorie
> Capacità di apprendimento e accademiche

Il piano di istruzioni suddivide ciascuna di queste abilità in piccoli passi concreti. Il terapeuta insegna ogni passaggio uno per uno, dal più semplice (es. imitare singoli suoni) al più complesso (es. portare avanti una conversazione).
Il BCBA, insieme ai professionisti della sua equipe, misurano i progressi raccogliendo dati nel corso delle sessione di terapia. I dati permetteranno di monitorare i progressi della persona verso gli obiettivi.

L'analista del comportamento incontra regolarmente i membri della famiglia e il personale del programma per rivedere le informazioni sui progressi e la definizione degli obiettivi. Possono quindi pianificare in anticipo e adattare i piani e gli obiettivi di insegnamento secondo necessità.